Богоявленский собор - единственный действующий храм монастыря, здесь находится главная святыня обители – мощи преподобного Нила Столобенского.
Построен в первой трети XIXв., так его описывают современники: "Великолепное четырехугольное здание превосходной новейшей Тосканской архитектуры о пяти куполах с трехъярусной такой же архитектуры над западным входом его колокольней…". С этой колокольни открывается великолепная панорама окрестностей обители. Справа - водонапорная башня, осталась без реставрации с XVIIIв. - для контраста